El nombre de Zinacantepec es de origen náhuatl se compone de Tzanacan, que significa "murciélago" y Tépetl, "cerro", que significa "en el cerro" o "junto al cerro de los murciélagos"". En la matrícula de tributos del Códice Mendocino esta representado por el jeroglífico de un cerro con un murciélago en su cima.