Villa de Allende

En la época prehispánica estaba habitado el territorio por grupos humanos, según lo demuestran objetos encontrados como lacas, hachas, puntas de flechas, cerámica, lozas y fósiles en San Cayetano, donde también existen muros de piedra con relieves o grescas. Los primeros pobladores que se asentaron en el municipio fueron indígenas mazahuas, también llegó una tribu matlatzinca o pirinda a finales del siglo VII d.C. quedando éstos bajo el dominio del imperio chichimeca que se extendía hasta Malinalco. En la llegada de los españoles los mazahuas lucharon al lado de los aztecas, pero Gonzalo de Sandoval los venció en 1521, pasando a pertenecer al marquesado de Oaxaca. La evangelización se llevó a cabo después de una misión religiosa franciscana del convento de Toluca, la cual se estableció en Villa del Valle, hoy Valle de Bravo y no tardó en dirigirse hacia el norte y llegar a este pueblo; según datos de la galería número cuatro del Archivo General de la Nación, en 1542 San José Malacatepec estaba ya reconocido como pueblo.