La cabecera municipal, antes de llamarse San José del Cabo, los pericues le designaron "Anuiti", también recibió del nombre de San Bernabé. Debido a que Sebastián Vizcaíno la denominó Bahía de San Bernabé. Al arribar por primera vez a ella el 11 de julio de 1602, siendo el día de este santo, y por último el aguada segura.
El nombre de San José le fue asignado por el misionero Jesuita Nicolás Tamaral, en honor a Don José de la Fuente Peña y Castrejón, Marquez de Villa Puente dotador de la misión y benefactor de la colonización de la Península.
Se le agregó Los Cabos para diferenciarlo de San José de Comondú, asi mismo por la cercanía a Cabo San Lucas.
En cuanto a Cabo San Lucas, este lugar tuvo otras designaciones: Los pericues le llamaron "Yenecami" y el pirata Thomas Cavendish "Puerto Seguro", sin embargo, ha trascendido el de Cabo San Lucas por imposición misional.
En 1730 es fundada la Misión de San José del Cabo por el padre visitador José Echeverría y el padre jesuita Nicolás Tamaral. En el poblado de San José del Cabo, a cargo de Fernando de la Toba, se jura y se proclama, por segunda vez, en 1822, la Independencia de México en el Territorio de Baja California.
En 1847, durante la invasión norteamericana, en el poblado de San José del Cabo se dio la defensa del territorio mexicano, y allí fue abatido el teniente Antonio Mijares, quien murió en forma heroica.
San José del Cabo inicia sus actividades como cabecera municipal del municipio de Los Cabos en el año de 1928. Actualmente es una población, al igual que la ciudad de Cabo San Lucas, con futuro promisorio. Las inversiones federales en infraestructura turística han hecho posible que estas tierras de vacacionistas se hayan convertido en uno de los lugares más visitados por el turista extranjero, principalmente del estado de California y del Canadá.
En 1981, el Congreso Estatal aprueba la creación del cuarto Municipio de Los Cabos.
En Miraflores se elaboran artesanías de piel, tales como:
El vestido de "La Flor de Pitahaya" y "La Cuera".
Diferentes ates y dulces de temporada en almíbar.
Hermosos e inigualables atractivos son las playas del municipio entre las que sobresalen:
| Estado | Baja California Sur |
| Cabecera | San José del Cabo |
| Población | 164 162 hab. |
| Gentilicio | |
| Municipios de Baja California Sur | |
| Superficie | 3 452 km2 |
| Información proporcionada por el Instituto Nacional para el Federalismo y el Desarrollo Municipal (INAFED) | |
