Se nombró así en honor a la Virgen de Santa María Magdalena; Mixtepec en lengua náhuatl significa: "Cerro con neblina".
Se ignora la fecha exacta de la fundación de este pueblo, sólo se sabe que antiguamente se llamaba Magdalena Tepezimatlán y el nombre que lleva actualmente de Mixtepec lo recibe por pertenecer a la parroquia de Santa Cruz Mixtepec.
Atractivos turísticos:La fiesta patronal es el día 22 de Julio en honor a la Virgen de Santa María Magdalena.
Banda de viento.
Gastronomía:Alimentos: La comida propia de este municipio es: el mole negro, el coloradito, amarillo, verde, tamales, nopales guisados y chiles rellenos.
Dulces: Buñuelos, dulce de tejocote, dulce de calabaza y nicuatole.
Bebidas: Mezcal, tepache, tejate, agua de chilacayota y de horchata.

| Estado | Oaxaca |
| Cabecera | Magdalena Mixtepec |
| Población | 1 304 hab. |
| Gentilicio | |
| Municipios de Oaxaca | |
| Superficie | 41 km2 |
| Información proporcionada por el Instituto Nacional para el Federalismo y el Desarrollo Municipal (INAFED) | |