El nombre del municipio es en honor al santo patrono San Francisco de Asís y la palabra "Nuxaño" según Wilfrido Cruz en su obra "Oaxaca recóndita", significa "Ahí pisaste". Por los datos encontrados en el libro de cambio de autoridades, se sabe que desde 1821 a 1900 fue agencia municipal y a partir de ese año ha sido municipio; se sabe por el padrón de capacitación del año 1890 que este pueblo contaba con 404 habitantes en total. El 3 de enero de 1974 obtuvo la resolución presidencial que ampara 2,164 hectáreas de territorio.
Monumentos históricos:El municipio cuenta con un templo del siglo XVII, que se terminó de construir en el año de 1861, construido de cal y canto, cuyo santo patrón es San Francisco de Asís.
Fiestas:Del 2 al 4 de octubre se lleva a cabo la fiesta religiosa en honor al santo patrono San Francisco de Asís. También se celebra el tercer viernes de Cuaresma.
Gastronomía:Alimentos: Los platillos típicos del municipio son: el mole de guajolote, tamales de hojas verdes y totomoxtle, pozole y la exquisita barbacoa.
Dulces: En la preparación del pan se utiliza el pulque como elemento de fermentación lo que le da un sabor característico.
Bebidas: Se combinan estas comidas con el pulque de maguey blanco.
| Estado | Oaxaca |
| Cabecera | San Francisco Nuxaño |
| Población | 378 hab. |
| Gentilicio | |
| Municipios de Oaxaca | |
| Superficie | 22 km2 |
| Información proporcionada por el Instituto Nacional para el Federalismo y el Desarrollo Municipal (INAFED) | |
