El municipio lleva el nombre de San José en honor al santo patrono del lugar y por las muchas rocas o peñas del lugar, recibe el segundo nombre. Se fundó en el siglo XIX.
Existe un lugar llamado el Gueche, donde se ven vestigios que correspondieron a la cultura zapoteca.

Fiestas:Su fiesta principal es el 19 de marzo en la cabecera municipal en honor a su santo patrón San José.
El 20 de noviembre se celebra en la comunidad La Labor y Yagalan; el 21 de marzo en El Tabaje.
Artesanía:Elaboración de artículos con carrizo y palma; bordados en tejidos con estambres.
Gastronomía:Alimentos: Los platillos propios de la región son el mole, cegueza, tamales horneados de pitiona, amarillo de hongos, molido de fríjol, acompañados de atole de espuma tepache, pulque o mezcal.
| Estado | Oaxaca |
| Cabecera | San José del Peñasco |
| Población | 2 094 hab. |
| Gentilicio | |
| Municipios de Oaxaca | |
| Superficie | 29 km2 |
| Información proporcionada por el Instituto Nacional para el Federalismo y el Desarrollo Municipal (INAFED) | |