Su nombre original es "Atlatlahuaca", que significa: "En el agua roja o bermeja", proviene de los vocablos "Atl": "Agua", "Natlahuqui": "Rojo o bermejo" y de "Ca": "En". 
Este Municipio fue poblado por la civilización nahua, posteriormente fue conquistado por la gente de Moctezuma a principios de 1500 y por los Españoles hasta 1580. El corregidor Francisco de la Mezquita y el Clérigo Juan Rodríguez fundaron la parroquia de San Juan Bautista Atatlahuca y algunos pueblos adyacentes como: Manilaltepec, Nacaltepecec, Jayacatlan, Zoquiapam, Yolox, Quiotepec, Cotahuiztla.
EL 29 de Junio se celebra la fiesta de San Juan Bautista.
Banda de viento.
Alimentos: Entre los platillos más importantes de este municipio se encuentran el mole negro.
Dulces: Dulce de calabaza.
Bebidas: El aguardiente y el mezcal.
| Estado | Oaxaca |
| Cabecera | San Juan Bautista Atatlahuaca |
| Población | 1 724 hab. |
| Gentilicio | |
| Municipios de Oaxaca | |
| Superficie | 453 km2 |
| Información proporcionada por el Instituto Nacional para el Federalismo y el Desarrollo Municipal (INAFED) | |
