El nombre de San Juan fue dado en Santo Patrono del pueblo y Mixtepec proviene del nahuatl, que significa:
"En el cerro de las nubes", o bien "En el cerro nebuloso"; de "Mixtli": "Nube" y "Tepetl": "Cerro". Se cree que el pueblo fue fundado por zapotecos que llegaron del Valle de Oaxaca en el siglo XVI. El pueblo actual fue fundado a principios de 1600.
Existen vestigios arqueológicos y prehistóricos.
El 24 de junio se celebra la feria en honor a San Juan y a San Isidro Labrador el 3 y 14 de Septiembre.

La danza de los enmascarados, la danza de la pluma y el fandango zapoteco.

El jarabe, las chilenas y la banda de viento.
Se hacen casquemes, rebozos, ceñidores, bolsas, servilletas y mantas tejidas a mano.

Las mujeres se visten con mantas negras, ceñidor rojo y blanco, huipil, rebozo, listones en las trenzas y huarache de pie de gallo. Los hombres calzón blanco, camisa del mismo color, ceñidor, sombrero de palma o de lana y guarache de pie de gallo.
Mole, tamales horneados de amarillo o de hongos, amarillo de hierba santa, amarillo de huitlacoche, atole de espuma, etc.

| Estado | Oaxaca |
| Cabecera | San Juan Mixtepec |
| Población | 711 hab. |
| Gentilicio | |
| Municipios de Oaxaca | |
| Superficie | 76 km2 |
| Información proporcionada por el Instituto Nacional para el Federalismo y el Desarrollo Municipal (INAFED) | |