La palabra Yatzona proviene del zapoteco y significa "Tres cerros"; "Ya": "Cerro" y "Tzona": "Tres". Se ignora la fecha de fundación de este pueblo.
Se festeja el cuarto viernes de marzo y el 24 de Junio se celebra a San Juan.

Danza de La Malinche, los negritos, los huenches, los tehuanos y la danza de la pluma.

Banda de viento.
Se elaboran canastos de palma.

La comida típica de municipio son los tamales, la barbacoa, el mole, los champurrados, chocolate, aguardiente y mezcal.

| Estado | Oaxaca |
| Cabecera | San Juan Yatzona |
| Población | 452 hab. |
| Gentilicio | |
| Municipios de Oaxaca | |
| Superficie | 20 km2 |
| Información proporcionada por el Instituto Nacional para el Federalismo y el Desarrollo Municipal (INAFED) | |