La palabra Yotao proviene del zapoteco "Yuo-dao" que significa "Tierra de espigas". 
Se llama San Miguel en honor a San Miguel Arcángel. En 1500 existía un pueblo llamado Totolinga que fue formado por varias familias zapotecas. Una grave epidemia se expandió por el pueblo y los habitantes tuvieron que huir de la población para establecerse en otro lugar. 
Después de un tiempo de buscar lugar, llegaron a las faldas del cerro, donde actualmente se encuentra el municipio de San Miguel Yotao, que se fundó en 1600 aproximadamente.
La fiesta patronal se celebra a San Miguel Arcángel.
Banda de viento.
Se elaboran discadores y canastos de carrizo.
El platillo típico del municipio es el mole, la bebida típica es el tepache y los postres típicos son los plátanos en mermelada y la chilacayota con queso panela.
| Estado | Oaxaca |
| Cabecera | San Miguel Yotao |
| Población | 611 hab. |
| Gentilicio | |
| Municipios de Oaxaca | |
| Superficie | 43 km2 |
| Información proporcionada por el Instituto Nacional para el Federalismo y el Desarrollo Municipal (INAFED) | |
