Saín "Cabeza de Pueblo" inmediatamente después del descubrimiento de América y la conquista el cacique del pueblo Alonso Sain, heredero a sus sucesores las tierras y se construyó la primera iglesia ya había las suficientes familias para formar una comunidad indígena, se llamó "San Sebastián" con el renombre de "Sain", posteriormente se le llamó "San Sebastián el Alto" y actualmente "Sain Alto". Saín Alto fue antiguamente un poblado de indios zacatecos que empezó a poblarse entre los años de 1535-40. Los zacatecos se hallaban en Malpaiz (sección volcánica y agreste al este de Durango, cerca de las minas de San Martín y avino), alrededor del peñón blanco y bufa de Zacatecas. Antes de la llegada de los españoles, estos indios y los chichimecas solían estar en guerra entre ellos, peleando por alimento y fronteras pero a la llegada de los españoles se aliaron para defenderse de estos. Se tienen pruebas de que por tierras sainaltenses peregrinaron tribus aztecas ya que en el siglo XIX se encontraron vestigios de asentamientos aztecas (simientes ya desaparecidos) cerca de Atotonilco, y en los alrededores de los ojos calientes, así como los encontrados a orilla de el arroyo área de Sain Alto.
Antecedentes Coloniales: Siendo el virrey de la Nueva España Don Luis De Velasco, vio la necesidad de colonizar el poniente y norte de Zacatecas, Francisco de Ibarra fue elegido para tal fin, por lo que se le considera el descubridor del pueblo de Sain por el mes de septiembre de 1554, recordemos que el capitán general Ginés Vaquez del Mercado pasó por Sain en los años de 1552 y 1553, pasando por la mina "El Chacuaco" que no le gusto el yacimiento, en su estancia por estas tierras fue atacado por una partida de indios chichimecas, guachichiles, siendo herido de muerte y murió en el pueblo del Teul a consecuencia de estas heridas en el año de 1553. En la época de la colonia comenzó la evangelización, y desde el inicio hasta el fin de la expedición (1554) Don Francisco De Ibarra se hizo acompañar del clérigo el Lic. Juan García que se encargaba de los bautismos y demás actos de evangelización. Al parecer el primer avance franciscano hacia el norte de Zacatecas fue encabezado por el fray Bernardo Cossin quien remplazó a fray Juan de San Miguel hacia 1550, como misionero del pueblo de San Miguel. El padre Cossin fue martirizado cerca de la aldea de Zacatecas de Sain, se considera el primer mártir de la Nueva Vizcaya. Surgen las primeras estancias alrededor del año de 1561 siendo alcalde mayor Juan Vázquez de Ulloa.
Las Grandes Haciendas: Mencionaremos las de mayor importancia: La hacienda de San Sebastián de Sain Alto, hacienda de San Pedro de Río de Medina, hacienda de San Antonio de la Torrecilla, hacienda de Atotonilco, hacienda de Santa Mónica, hacienda Sain Bajo, Cantuna, el Sauz, La Laborcita. Saín Alto siempre fue propiedad particular, nunca tuvo fundo legal así lo señalaron los tribunales de la Real Audiencia de Guadalajara en 1704 y 1805. Un hecho relevante del siglo XIX fue la llegada del presidente Juárez día 17 de diciembre del año de 1867 que repartió tierras realengas en su estancia por este municipio.
Siglo XX: En la primera década de este siglo estalla la Revolución Mexicana en varios estados de la república el general Rosendo Rayas, originario de Sain Alto, participó en las revueltas en el año de 1915 el general Pánfilo Natera García renuncia a la convención por el caos que provoca Pancho Villa con su conducta irresponsable, triunfa el constitucionalismo y Francisco Villa secuestra a la familia Natera, el general Natera por éste tiempo se encontraba aquí en Sain Alto y por poco es atrapado por orden de Villa, en los primeros días de enero de 1916 la familia Natera regresa a Zacatecas. En 1944 el general Natera entrega el gobierno de Zacatecas a Don Leobardo Reinoso. En el año de 1914 siendo gobernador del Estado de Zacatecas Pánfilo Natera confisca todas las haciendas del estado con decreto fechado del 8 de agosto de este año. En el municipio de Sain Alto resultaron tres haciendas afectadas, la del Sauz, Santa Mónica y Cantuna. Año de 1926 el pueblo católico de este municipio resulta afectado por el movimiento cristero, donde resultan muertos muchos sacerdotes del estado de Zacatecas. Año de 1934 Lázaro Cárdenas del Río asume la presidencia de la República Mexicana, un año después se decreta la formación de Ligas de Comunidades Agrarias en toda la república y comienza la repartición de tierras surgiendo los ejidos.
Historia Minera: Las Compañías "Mercurio de Sain Alto" y "Beneficiadora de Mercurio, S. A." inician sus actividades en 1934 y alcanzan una producción del 12% de mercurio a nivel Nacional, en los años 1939 a 1940 las principales zonas mineras fueron El Sáuz, Mineral de Mercurio, Sierra de Chapultepec, Cerro Colorado y Bonancita; los principales yacimientos de estaño estaban localizados a 15 Km. Al sureste de la población de Sain Alto y fueron los campos mineros El Navanson, Los Angeles, comprendían una franja aproximada de 3 a 8 Km. de orientación noreste-sureste. En 1953, existió una planta de beneficio de 50 a 60 toneladas por día donde se calcinaban los concentrados en titortas de tubo y se obtenía una reducción promedio de 1380 Kg. de mercurio mensual. El estaño se produjo en poca escala por los gambusinos y se comercializó en forma directa.
Tenemos edificios y monumentos coloniales que datan del siglo XVI y XVII, grandes cascos de hacienda y ruinas de población indígena y minerales, dentro de sus principales templos tenemos en la cabecera del municipio el de San Sebastián Mártir y el de la Virgen de Guadalupe, otro de menor importancia el de San Antonio y Cristo Rey, en las comunidades de mayor importancia sobre todo las más grandes tienen su templo en donde celebran cada uno sus festividades religiosas. Asi mismo la Casa de los Leones.
La unidad cultural del municipio tiene un proyecto la elaboración de uno en esta cabecera.
El 20 de enero en honor al santo patrono San Sebastián Mártir, en esta fecha se realiza la tradicional "Feria de Sain Alto" con peregrinaciones, teatro del pueblo, fiesta charra, peleas de gallos, carrera de caballos, eventos culturales y deportivos, danzas autóctonas etc. En Sain Alto son tradicionales las fiestas religiosas que con mucho entusiasmo participa el pueblo, dentro de las principales tenemos la del señor San José el 19 de marzo, el 3 de mayo en honor a la Santa Cruz, el 13 de mayo por la Virgen de Fátima, el 13 de junio a el Señor San Antonio y el 12 de diciembre en honor a la Santísima Virgen de Guadalupe, la fiesta de Cristo Rey (es fecha movible), entre otras.
Se entiende por tradición todo lo que a través del tiempo a trascendido y se considera como un orgullo. Sain Alto tierra voluptuosa en tradiciones, músicos innumerables que amenizan fiestas religiosas y pueblerinas, mercado que incita por generaciones al conocimiento de unión más rica de nuestra gente, intercambio o trueque compra-venta. El día de muertos se festeja año con año por el mes de noviembre, la gente del pueblo acude a el panteón a llevar sus ofrendas florales y veladoras y en ocasiones se hace altares de muerto, el concurso se premia el primer lugar, lo mismo para el mes de diciembre el concurso de nacimientos organizado por autoridades eclesiásticas, municipales y culturales.
Llenan de colorido, sonido y ritmo procesiones con cantos que invocan el augurio de un porvenir optimista, la visita al templo cada domingo fe y tradición que es interminable, constante y fiel en sus moradores, la vuelta al jardín por las tardes donde innumerables familias tiene su origen. En todas las fiestas religiosas se bailan danzas autóctonas y se prepara la usual reliquia que consiste en regalar comida a los vecinos, esta tradición se lleva a cabo en otras comunidades del municipio.
La música propia de la región consiste en tamborazos, que amenizan fiestas religiosas, familiares y fiestas populares como bailes, rodeos, etc., Órganos melódicos que amenizan cualquier fiesta particular o popular lo mismo pasa con los trios que acuden a tocar a donde se les solicita.
Existe un corrido llamado "El caballo mojino" que se hizo muy popular y se extendió por el centro de nuestro país en tiempos de la revolución mexicana, que tuvo su origen en una carrera de caballos "El As de Oros" y "El Caballo Mojino" el día 31 de julio del año de 1902. El caballo mojino era propiedad del señor Severo Estrada del rancho "El Proaño" Sombrerete Zacatecas y "El As de Oros" propiedad del señor José Leal del rancho de Cantuna, Sain Alto, Zacatecas.
Una tradición muy arraigada en el municipio es el famoso "caldo loco" que surgió de los amigos que tomaban licor o pulque a las orillas del río y que de la pesca y de las verduras de la huerta cocinaban en cazuela de cobre lo que sería y es por siempre algo que lo identifica, otra tradición consiste en la elaboración de cajetas de membrillo, manzana etc. Y licores de membrillo, uva, granada; todos con métodos naturales y sin conservadores. En fiestas populares y familiares se ha hecho tradicional la preparación y el ofrecimiento a los invitados un platillo de "caldo loco" hecho a base de diferentes carnes y verduras.
Baños de aguas termales del que destaca el de Atotonilco.
| Estado | Zacatecas |
| Cabecera | Saín Alto |
| Población | 20 775 hab. |
| Gentilicio | Sainaltense, Sainero |
| Municipios de Zacatecas | |
| Superficie | 1 412 km2 |
| Información proporcionada por el Instituto Nacional para el Federalismo y el Desarrollo Municipal (INAFED) | |
